黑城在西汉时期，就是居延地区(秦汉时期，额济纳这片广阔肥沃的土地，是匈奴人居延部的牧地，“居延”是匈奴语也就是“天池”或“幽隐”的意思。所以当时这里就被称之为居延地区。)的重要组成部分。公元1038年,李元昊称帝、国号“大夏”，定都兴庆府（今宁夏银川）。因地处中原西北部，所以史称“西夏”。党项人建立了西夏政权，西夏王朝在居延地区设置了“黑水镇燕军司”，驻地即黑城。公元1226年，成吉思汗率兵，攻破这一要塞。忽必烈统一全国之后，居延地区随即归附于元军，公元1286年，元朝扩建黑城，并在此设置“亦集乃路总管府”，统领山丹、西宁二州。“亦集乃”为党项语，意为黑水。明初，大将冯胜出军西路，兵锋直指亦集乃，黑城破守（1372年），明朝随即放弃黑城，黑城地区被划为边外地。从此，便再无人经营。
